黄巾大军一路南下，穿州过府并不理会沿途郡县。两个月后，黄巾在原武县境内度过黄河，发兵攻打荥阳。
反应迟钝的大汉朝廷这才惊慌起来。四处调集兵力准备剿灭黄巾起义军。洛阳司隶一线汉军集结三万兵马在大将军何进的率领下开赴虎牢关。兖州各郡县兵马向陈留开始集结、最早集结完毕的豫州兵马也兵出许县向北杀来。隐隐对黄巾形成三面合围之势。而唯独北面冀州兵马还在邺城一代徘徊。
冀州兵马为什么在邺城不动呢？这有两个原因。第一个个原因是因为刺史王芬。王芬是一位饱读圣贤书的大儒。他自从看到梁邺大桥之后就对冀州工商世家产生了浓厚的兴趣。通过明察暗访，王芬对冀州世家倒也了解了个七七八八。王刺史大人知道，冀州发生的这一切变化。起源就是颜家这位格物学宗师带来的。王芬考虑一番去颜文府邸拜访颜文。这一趟的经历又让他震惊了一把。当见到颜文后王芬再次体会到了：博学之士不私藏的精神。颜文再次热情的将自己编写的格物全书赠送了出去。
王芬拿着这本《格物全书》如获珍宝，细细研读。仅仅四万多字的书被王芬反复翻阅了上十遍之多。王芬还找来工匠，按照书中所写之理论进行过几个小实验。结果发现全部都与书中所写一模一样。这使得王芬对此书更是奉若神灵。王芬知道，汉朝官员腐化已经到根子上了。自己就算身为刺史又能抓得了几个？何况官官相护盘根错节。很多贪官自己就算想管也没办法管。想到这写王芬也干脆不管了，最后心一横搬到颜家庄去学习格物去。王刺史学习东西非常专研。遇到不懂的问题就时常去请教颜文。王芬就这样学呀学，学了半年多。冷不丁的黄巾起义就爆发了。
王芬见冀州世家将所有企业联合起来组建了一个名曰“工商总会”的组织。旗下有私兵近五万。那真是训练有术装备精良。黄巾都不敢来攻打了。反倒丢下老弱南逃。尽管，王芬也听说工商总会这边可能也不想打。好像是花了些财帛米粮买黄巾乱军离去。王芬反倒觉得：就算真是这样那说明黄巾并不可怕。只是一些活不下去的饥民闹事而已。他甚至有点幼稚的想着。让黄巾去洛阳闹一闹说不定朝廷答应给点钱粮就招安了，这也就皆大欢喜了。
王芬乃海内大儒。对底层百姓生活疾苦非常同情。于是，王刺史便随意发出一封：各地郡县自筹兵马粮饷与邺城集合的命令。即没有规定时间，也不要求数量。这样一来各地当然是慢吞吞的搞一点表示一下。毕竟这打仗可是要死人的。
冀州兵马在邺城不动还有第二个原因，那就是因为粮草问题。冀州世家粮草大多集中到了颜家庄，不对,现在叫釜山镇的粮食银行总库中。就连邺城府库也粒米不剩。邺城官员拿着粮币去粮食银行邺城分库提调。结果分库拿出总库发下来的《战时粮食安全管制条例》说没粮，都送去总库了。几万兵马去打仗没粮食怎么成。于是，邺县官员去釜山镇粮食银行总部去讨要。这哪有那么容易要到呀！这一折腾又是好几个月。
黄巾大军攻打荥阳一鼓而下。司隶兵马刚到达虎牢就听说荥阳已经失守。虎牢关新进大将军何进觉得还是保险起见，等待其他各路大军汇聚后在出关迎战黄巾贼军。于是，大将军何进在虎牢关连连发布命令。让后续援军加快汇聚虎牢。
早在大将军出发以前，朝廷就任命了左右中郎将先行去兖、豫二州去调集兵马。左中郎将卢植，字子干。幽州涿郡人。出身于范阳世家大族卢氏。卢植性格刚毅，师从太尉陈球、大儒马融等，为大儒郑玄、名士管宁、华歆的同门师兄。曾先后担任九江、庐江太守，平定过蛮族叛乱。卢植率乌桓中郎将宗员，率领北军一部在陈留召集附近州县军士。新进泰山平阳都骑卫鲍信等人陆续赶来汇集。
右中郎将朱儁，字公伟。会稽郡上虞县人。出身寒门，少年时因赡养母亲而闻名。其为人好义轻财，乡里都敬重他。后被太守徐珪举为孝廉。迁任兰陵令，有特殊政绩，被上表推荐。不久拜交州刺史，仅率家兵五千人就大破叛军，平定交州。战后以功封都亭侯，入朝为谏议大夫。黄巾起兵伊始，右中朗将朱儁就举荐：下邳县尉孙坚担任左军司马。朱儁就在许县集结兵力。
荥阳告急，右中郎将朱儁的南路兵马最先集结完毕。于是便发兵北上与黄巾主力在荥阳东南遭遇，由于汉军未料到黄巾兵马持有枪械这种武器。首战便大败，左军司马孙坚英勇无畏带兵冲锋，结果乱枪击毙。四万大汉大军仅此一战便死伤殆尽，右中朗将朱儁仅带领一万三千残兵败逃虎牢关。
歼灭大汉右中郎将朱儁后，大贤良师张角命自己二弟“地公将军”张梁领兵2万驻守荥阳，三弟“人公将军”张宝领兵2万攻打许县、颍川。自己亲帅四万黄巾主力侧击从陈留赶往中牟左中郎将卢植所部。卢植及乌桓中郎将宗员在中牟城东小李庄与黄巾军大战。卢、宗二人先后战死，所协兵马全部溃散。
司隶方面：司空张温率领中郎将破虏将军董卓、执金吾袁滂、荡寇将军周慎、骑都尉曹操等兵马先后赶到虎牢关。何进认为自己兵强马壮，出兵时机成熟。不听朱儁之言，执意出关袭击荥阳。汉军连攻荥阳城三日不下，张角主力从中牟方向杀到。汉军大败，12万兵马损失近5万，余者退守虎牢关。
张角命张梁领兵1万攻打汝阳。马应元、张牛角领兵1万攻打陈留。张燕领军1万驻守荥阳。亲帅主力三万攻打虎牢关。此时虎牢关尚有汉军7万。却因士气低落被黄巾打的毫无招架之力。最后退守关墙不敢出关对阵。朱儁账下谋士武威姑臧人贾诩献火攻之计。汉军退出虎牢关黄巾不知是计冲入关内。结果被一把火烧死兵卒万余。汉军终于俘获了千余被大火隔断无法逃离的黄巾士卒。并获得700多套珍贵的枪械。
大汉与黄巾在荥阳死磕的时候，颜文在干什么呢？他在为安置这五十万黄巾百姓而头疼。颜文对着五十万黄巾进行了排查。将其中两万多太平道坚定者分批遣散。其他人众分散安排到数十个流民安置点。
就是这样颜文想想还是不放心。又在黄巾民众里挑选出五万青壮编入修路大军。这样一来颜文的工程队伍就扩充到十一万之多。颜文觉得不能让这些人闲着。人闲容易乱想易引发事端。就让这些修路的队伍，开始修筑邺县至原武县的水泥公路。
黄巾中火计之后再荥阳修养了一个月再次出兵攻打虎牢关。这次用数辆炸药车在枪弹的掩护下冲入城门之中。数车炸药发出冲天怒吼，炸毁关城，汉军步足从未见过如此猛烈的爆炸。发生了大溃散，汉军将领阻挡不了只得撤退。朱儁主动要求引少数兵卒断后，最终被乱枪击毙在虎牢关内。黄巾占领虎牢关只过了两日就开始进军洛阳。
从虎牢撤退的汉军退守到固县。遇到从西凉、河西赶到四万多兵马，此时汉军再次恢复到近十万人马。大将军何进觉得从人数上十万汉军可以和两万黄巾决战了。于是，何进不听众将意见坚持在固县城城前展开兵力与黄巾主力决战。
此战异常激烈战场上喊杀声十里可闻。左中朗将皇甫嵩、执金吾袁滂、荡寇将军周慎、骑都尉曹操西凉军郭汜、樊稠等数十高级将领先后战死。
中郎将破虏将军董卓腿部中枪，率先引军逃走。汉军发生全线奔溃。黄巾仅死伤五千人杀死汉军七万多人。董卓逃往洛阳一代不敢进城。只称自己重伤无力约束兵马，纵兵抢劫洛阳周边。而后绕过洛阳向弘农撤退。黄巾击败汉军司隶主力后在固县休整数日。
此时并州刺史丁原前锋都骑卫吕布引兵赶到。吕布引领六千并州铁骑奇袭休整中的黄巾军对。黄巾损失惨重。危急时刻黄巾赴死队纷纷点燃炸药车与骑兵队伍同归于尽。巨大的爆炸声让并州铁骑受惊发生大混乱。黄巾枪兵乘机得以充气和整队。之后的反击中飞将军吕布被流弹击中右臂方天画戟都遗失在战场，被迫败引兵退往河内。手下张辽、宋宪、魏旭、侯成竭尽战死。黄巾军经此一战也剩下不足一万。
张角见兵力不足，知道已不可能攻陷洛阳。命令撤退回虎牢。途中再遇丁原并州三万步兵主力。张角亲自上阵，与万军之中斩杀丁原头颅，黄巾赴死队再次怀抱炸药包冲入汉军人群引爆。并州汉军被吓的士气全无，全线大溃死伤万余，其余兵马逃回河内。至此，张角带最后六千兵马退守虎牢关。
在张角发兵攻打司隶同时。黄巾南路主将张梁攻破汝阳。而后又挥师南下攻破南阳。南阳太守刘焉战死，南阳被黄巾军占领。黄巾在各地斩杀贪官和不良世家大族。将收集到的粮食财帛分与百姓募兵五六万。颜文释放的黄巾中坚分子也有一万多赶到荥阳从新加入黄巾队伍。
黄巾军为什么有这么强的战斗力。这主要有三个方面的因素。首先是黄巾军士卒都是太平道的忠实信徒。他们都信奉太平道学说。对首领张角奉若神明。战斗意志非常坚定，往往是至死方休。其次，张角在黄巾军中有两种超越时代的武器和战法。一个是手榴弹。张角在参观钢铁公司的矿山爆破以后，又获得配方。苦心收集了大量硫磺等物。做了数千个重两斤的土质手榴弹。其实，土手榴弹杀伤力未必有多强。但在战斗中起到很大的恐吓效果。很多次汉军士兵都是因为害怕手榴弹而引发了大规模的崩溃逃散。
另一个，就是颜文交换给黄巾的五千把**。很多勇猛的汉军将领在战场上身先士卒：孙坚、宗元、袁滂、周慎、宋宪、魏旭、侯成、郭汜、樊稠都是死于带兵冲锋的途中。而卢植、皇甫嵩、曹操、张辽等也是在战场上中流弹而亡。而中弹负伤将领如：吕布、张温、董卓等很快失去战胜信心统兵撤退。
黄巾的军队从军官到士兵战斗战斗素养并不强。张角只是在看过**的射击效果后。简单的将枪兵分成两排立于战阵的前排。在第一次和右中郎将朱儁的战斗之后。张角又在枪兵的前面安排十排刀斧手等冷兵器部队，蹲在地上等汉军靠近。而其他兵马则是乱哄哄一群一群的站立于枪兵后方。在战场之上，前面士卒很多都干脆坐在地上，抠着脚丫呐喊助威。这对汉军来说简直是一种侮辱。
然而，汉军却拿这种刚放下锄头的农民军毫无办法。当两军接触时，汉军在一里左右（四百多米）就必须开始冲锋。跑过四百米的人都知道那个距离跑下来基本上就不剩多少力气了。可是，不冲锋就得挨枪子。汉军也不得不如此。在奔跑中汉军最勇敢，武艺最好的兵士、将领都冲在最前面，也是最先死掉。他们给冲在后面的士兵一个非常不好的感受。看着这些平时比自己厉害的同僚、战友都倒闭。越到后面的士兵士气越是低落。
等两排枪兵的八十发子弹打完。汉军这才能够和黄巾冷兵器部队接战。可是，这个时候的士气和战斗力已经接近崩溃的汉军，并不能给黄巾带来多少伤害。这种战斗说一边倒的屠杀可能有点夸张。不过真是的场面和屠杀也没有多大的区别。二十多万汉军精锐只杀死了三万多的黄巾军。这其中还包括贾诩烧死的一万和吕布偷袭杀死的七千。真正在正面战场。黄巾与汉军死伤比例为1:14。
再看看冀州这边。有一部分被颜文释放的黄巾中坚信徒，流窜到张角老家巨鹿一带汇集。刚刚起事准备攻占巨鹿县，正好遇到从幽州赶来的新任冀州刺史刘焉兵马。幽州军队在巨鹿、清河一代追杀这批黄巾队伍。历时数月终于将其主力消灭，黄巾余者逃散各出。此时幽州兵马人倦马乏，粮草也开始不济，刘焉只好移师邺城就粮。可是，等幽州兵马到了邺城之后。也因为粮草问题陷入邺城无法前进。