收复台湾，是崇祯帝朱由检在“国际友人”面前夸下的海口，估计那几个正在忙着为大明教育和历法做贡献的传教士早忘记了。
崇祯帝朱由检一直记得，平定辽东后，就一直在谋划这事，终于在郑芝龙北上的时候，时机成熟了。
他动了！
派出了藏在身边已经很久的一把尖刀——曹变蛟。
同时开始整编大明水师，崇祯三年正月，五军都督府下令在参谋本部下成立了陆军司令部和海军司令部，配备了专门的参谋人员负责两部的工作。
海军的正式成军，表明原来的水师已蜕变为与陆军齐名的军种，摆脱了原来附属的地位，大明开始走向深海。
大明皇家海军下辖北洋、南洋两个舰队与皇家海军陆战队，分别以潘云龙、郑芝龙、曹变蛟为提督；两洋舰队以舟山群岛为界，北为北洋舰队辖区，南为南洋舰队辖区。
皇家海军以上古神兽“三足乌”为守护神，以红金两色三足乌为原型，周边配以蓝白波纹半环绕为徽章，寓意海军环御四海，守卫大明；服装采用深蓝色为制服主颜色，军旗是蓝底红金两色三足乌、军旗下边配白色海波纹。
北洋舰队包含主力舰队和四个分舰队。
主力舰队承当对外防御与进攻作战，必要时与南洋舰队组成为大洋舰队，北洋舰队提督为总指挥，驻地依然是威海和旅顺，配备新制的“定远级”、“伏波级”及“海燕级”等船型。
四个分舰队主要承当近海防御，主要对付走私，类似现在的海上警备队，驻地分别是：天津、青岛、上海、宁波等四地，主官从南洋舰队抽调了洪旭、甘辉（郑芝龙部将），另两个是山东、浙江水师军官，主要是原水师的近海福船和苍山船等船型。
南洋舰队同样包含主力舰队和四个分舰队。
主力舰队任务一样，驻地是厦门、九龙，基本还是郑家原来的舰船，但人员如同各部整编一样，与北洋舰队的对调了一半。
四个分舰队驻地温州、福
州、南澳和香山（珠海），主要是原福建、广东水师战船，军官也主要是原水师军官。
皇家海军陆战队做为海军单位，同样以上古神兽“三足乌”为守护神。
以红金两色三足乌脚握交叉钢枪为原型，周边配以蓝白波纹半环绕为徽章，寓意海军环御四海，守卫大明；服装采用深蓝色为制服主颜色，军旗是蓝底红金两色三足乌足握交叉钢枪、军旗下边配白色海波纹。
提督为曹表蛟、副提督戴敬林，陆战队总驻地在上海；下辖四个镇、一个总部直属旅，每镇三旅编制。
第一镇总兵戴敬林，镇驻地在天津，三旅分驻扎天津、威海、旅顺。
第二镇总兵王大海，镇驻扎地青岛，三旅分别驻扎上海、青岛、济州岛。
第三镇总兵刘兴祚，镇驻扎地福州，三旅分别驻扎宁波、福州、厦门
第四镇总兵陈继盛，镇驻扎地九龙，三旅分别驻扎南澳、九龙、广州
海军整编动作最大的两洋人员混编，当然也就淘汰一部分不合适在新式军队在待下去的人。
而郑家既然支持整编，也不会搞小动作，朝廷对过往的行为也是睁一只眼闭一只眼，两边默契的整编着大明皇家海军。
郑家联合其它福建海商组成了福建商会，参与了福建、广东盐业贸易，当然也可以进行海外贸易，但这次得按规矩缴纳关税。
大明皇帝都缴税，更何况地方豪强。
对郑家而言，现在的南洋舰队水手拿朝廷俸禄，这个钱省了用来缴关税，怎么算都是划得来；不光军饷不用出，战船也不用自己造、自己修；商会以后只造商船，这个算盘还不会算么？
当然也有一些小头目如李国助(李旦之子)自愿解甲归田，朝廷也封了不花钱的子爵、男爵，让他们安心去做富翁。
朝廷也不是不讲道理，不是一毛不拔。
为提高南洋舰队战斗力，朝廷准备在崇祯三年中，在广州建设煤铁联合企业和兵工厂，同时新建福州马尾、广州两
家大型船厂，使得能造大型海船的船厂达到五家。
皇家为建设这些工厂、海港，加上广东、福建、杭州等三省的海防建设，前后投入一千万两白银，花费肯定不会小；部分设备需要从京城、金陵的机械厂制造，路途遥远，这些工厂和码头直到崇祯五年中才大致完成建设。
至于整个大洋舰队在亚洲是不是霸主不好说，在东亚的海面肯定是！
大明以前要面对的外部、内部的不同势力太多，一直没腾出手来；现在北方平定，南方最大的海盗集团也彻底投降整编，就该东亚霸主出手收拾那些不听话的四海蛮夷。
海军的建设不是一撮而就，同样在中世纪的大明更是如此，丢弃的东西要捡起来更不是那么容易；皇家南京龙江船厂前后花费了两年时间，才回到以前的一半水平，现在主要负责“伏波级”军、民船只建设。
整个船厂一片繁忙的景象，六个船坞都是忙碌的工人，有两艘“伏波级”刚下水，船台马上被两艘民用的大海船龙骨给占据了，配备十二门退役火炮，单价要三万两白银。
这是皇商的订单，属于优先考虑级别，普通人还买不到带火炮的武装商船。
皇家天津船厂现在只有四个千吨级船坞，两个更大的两千吨级船坞还在建设；天津船厂收罗了全国不少能工巧匠，目前能同时建造两艘“定远级”战船；离同时开工建造四艘还需要时间，更别说要建造还在设计中的排水量达到两千吨的二级风帆战列舰。
皇家上海造船厂就更加不堪，和皇家山东蓬莱船厂一样，只能造些八百吨左右“海燕”级军民船只。
架构是搭配起来了，连皇家海军军官学校也在天津建立起来了，大型海船也是每年十艘建设着，离形成真正的战斗力还差得远，还有很远的路要走。
合适的船员不够！合适的工匠也不够！
不够势力南下吕宋和西洋人争夺南中国海霸权，但打打身边的敌人还是足够了，绰绰有余。