秦长封有何不妙呢？这得从朝中起。
话兵部调何洛进驻遵化，让他从指挥使级别的将领降到副指挥使，其中原因文书上并未明。只是负责下达调令的兵部侍郎李林是何洛的同乡，与何洛素有来往，知道何洛是个政治头脑简单的莽汉，怕他胡闹，这才和他讲通了秦长封不久会离职的信息。
不幸的是洪承畴被贬到陕西之后，魏忠贤心腹崔呈秀接掌兵部尚书，拉拢人马时，兵部侍郎李林情知魏忠贤党必败，不愿意合作，得罪了崔呈秀，便被崔呈秀寻了事端下狱了。
何洛做了副指挥使，但秦长封并未像兵部官员的自动离职，由于何洛官位莫名被降了一级，还要在地方上被人压了一头，心中满腹牢骚，现在李林犯事下狱，他找不着人干脆多次写信质问兵部。
魏阉一党表示效忠的方式一般都是极尽献媚拼命讨好上峰，这何洛竟敢质问兵部，挑衅上峰权威，那崔呈秀就断定何洛必然被文官集团收买了对付他们的，心中便对那何洛起了杀心。
文官集团见何洛都进驻遵化许多时日了，秦长封竟还不知趣上书请辞，本来没有弹劾他就是因为皇帝给他留一条生路，如今他不知趣还等什么？一时弹劾秦长封的奏折如雪片一般飞上朱由检的御案，朱由检也对秦长封的做派十分不满意，完全辜负了自己的一片苦心。
早有朝中与秦长封交好的官嗅到异常，告知秦长封朝中大臣欲对他不利，并好心提醒现在遵化的何洛得罪了崔呈秀，可以借帮助崔呈秀对付何洛之事向崔呈秀示好，让兵部保他。秦长封不再朝廷，没有觉察到魏党和皇帝之间的矛盾已经凸显，反而觉得那官的提醒很有道理，便主动结交崔呈秀，信中极尽献媚之词，将那崔呈秀捧得比天仙下凡还伟大，简直是前无古人后无来者草木为之含悲风云因而垂泪……
话熹宗一死，客氏留在宫中显然无任何理由，她不得不提请皇上批准出宫。崇祯顺水推舟，立即批准：“奉圣夫人客氏出外宅”。
客氏出宫虽然名正言顺，但对魏忠贤及其党羽无疑是一大震撼。
由于巴结客、魏而成为司礼监掌印太监的王体乾预感到事态的严重，立即于次日向皇上提出辞去司礼监掌印太监的要求，崇祯不允。
这个王体乾为人柔戾阴险，从尚膳监太监升为司礼监秉笔太监。王安辞去司礼监掌印太监后，他急谋于客、魏，获取了这一太监的最高职位。此后一意附和客、魏，为之尽力。按宫中制度，司礼监掌印太监在司礼监秉笔太监之上，但王为了讨好魏，破例把自己置于魏之下。因此魏对他一无所忌。目不识丁的魏忠贤按惯例不得为司礼监太监，因为客氏的作用，被熹宗任命为司礼监秉笔太监兼掌东厂。既然不识字，就无法代皇上“秉笔”，一切全由王体乾代劳，作他的“谋主”，凡遇票红文书及改票，都出于王体乾之手。崇祯深知奥妙，暂不触动王体乾，也就稳住了魏忠贤。
然而，对政治十分敏感的大臣们，还是嗅出了其中的微妙变化。
九月十四，右副都御史杨所修再次上书弹劾魏忠贤的亲信兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈颍等人。又是一些无关痛痒的事。遭到弹劾的崔呈秀等毕竟心虚，6续上书请求回家辞官守制，皇上下旨慰留，不允所请。被斥为漫无主持的周应秋也上书请求罢免，皇上也下旨慰留。
这些举措，令老奸巨滑的魏忠贤如堕云中，不知道皇上究竟意欲何为，真所为丈二和尚摸不着头脑。为了试探虚实，他在九月二十五向皇上乞求停止为他建造生祠的活动。为了此事，不识字的魏忠贤特定命亲信代他写了一本奏疏呈给皇上，崇祯看了奏疏，提笔批复道：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”从这些话中揣摩，皇上对魏衷贤的建生祠似乎采取既往不咎的态度。其实不然，这不过是权宜之计，帐还是要算的，只是时候未到。
阉党分子当然不会甘心束手就擒，这场权力斗争涉及到每个人的身家性命，他们必须要在这场政治赌博中继续押下赌注。最引人注目的事件便是吏科给事中陈尔翼以攻为守倒打一耙。他在给皇上的奏疏中，抓住前几天南京通政司杨所修弹劾崔呈秀、周应秋之事，大做文章，斥之为“播弄多端，葛藤不断”，归结为“东林余孽遍布长安，欲因事生风”。他请求皇上下令东厂、锦衣卫等严加缉访，企图再度造成恐怖气氛以限制舆论。
这种明目张胆的反扑意在把水搅浑，以党派门户之争的表象来掩饰阉党擅权乱政的真相。对于这一棘手的政治敏感话题，采取简单反对的方式是无济于事的，崇祯的表态恰到好处，他以表面上不偏不倚的其实柔中有刚的态度，果断地制止了这一企图。他批示道：“群臣流品，经先帝分别澄汰已清，朕初登御极，嘉与士大夫臻平康之理，不许揣摩风影，致生枝蔓”。
崇祯在驳斥了陈尔翼缉拿“东林余孽”的主张的同时，嘉奖魏忠贤、王体乾赞襄登极典礼之功，给他们的亲属荫锦衣卫指挥佥事；几天后又以表彰东江之功，给他们的亲属荫锦衣卫指挥同知。
虽然稳住了魏忠贤，阉党份子依然意识到了危局，大肆迫害被怀疑会对自己不利的大臣，一时京师血雨纷飞，许多重臣因此丧命。此时的境况，远遁陕西的洪承畴得闻，暗呼侥幸，幸好跑得快。
朱由检和性命不保的文官集团那边也意识到矛盾已经无可调和，决定起总攻。一份无名辈的奏折在某些人的指使下飞上了朱由检的御案。这份奏折劾魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削番封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边功；九，晙民；十，通关节。
这道奏疏虽出自一个无名之辈，写得却极深刻，崇祯阅后击节赞叹，当即召见魏忠贤，命他听内侍朗读，内侍尖细的声音，每一句话都刺中魏忠贤的要害，令他震恐丧魄。从皇帝那里告辞出来后，急忙去找他的赌友、先前信王府太监徐应元，商量对策。这个不可一世的大人物，此时低声下气地与徐应元称兄道弟，送以珍宝，希望他帮忙。徐应元替魏忠贤出了一个主意：辞去总督东厂提督太监之职，暂避锋芒。于是，十月二十七魏忠贤便向皇上提出了辞呈。
崇祯对这几天接二连三的弹劾奏疏一概不表态，乃是和一种引而不的策略。迫使忐忑不安的魏忠贤自己表态。果然不出所料，魏按捺不住，向皇上提出”引疾辞爵“。事后，崇祯知道这是他身边的太监徐应元出的子，一面斥责徐应元，把他贬到显陵当差；一面迅雷不及掩耳之势在十一月初一作出了勒令魏忠贤到奉养祖陵司香的决定，粉粹了魏阉企图继续留在宫中徐图进取的幻想。
崇祯下了一道“去恶务尽“为宗旨的谕旨，终于让长期郁积心头的愤恨之情倾泻而出。当他还在信王府时，唯恐不为忠贤所容，深自韬晦，常称病不朝；兄终弟及进入宫中，又担心为忠贤所害；及至登基，还不得不佯装继续优容的样子。难道他不想倒魏吗？非不为也，是不能也。今日时机成熟了，他在谕旨中写道：
朕闻除恶务尽，驭世之大权；人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺，严惩大憨，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假恩宠，忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举，略数其概：皇兄怀宁公主生母成妃李氏，假旨革夺，金冤未雪；逼裕妃张氏，立致弃生；借旨将敢谏之臣，罗列削夺，酷刑严拷，诬捏赃私，立毙多命。而身受三爵，位崇五等，极人臣未有之荣。通同客氏，表里为奸。赖祖宗在天之灵，天厌巨恶，神夺其魄，罪状毕露。本当寸磔，念梓宫在殡，姑置凤阳。二犯家产籍没入官，历年奖敕全数收还，各处生祠尽行撤除，其冒滥宗戚俱烟瘴永戍！
按魏忠贤的罪状是死有余辜的，念在先帝殡葬期间不宜开杀戒，姑从轻落。对于魏阉而言，虽免一死，但实际上在政治上判处了死刑。与此同时，崇祯又给部院各衙门去敕文，表明他要促成”维新之治“的决心，对遭到客、魏迫害的人士，应褒赠的即褒赠，应荫恤的应荫恤，应复官的就复官，应启用的就启用，应开释的具开释。并下令，拆除所有的魏忠贤生祠，折价变卖资助边饷。
江山易改，本性难移。魏阉这个政治爆户在贬往凤阳的途中，还要摆出威风凛凛的架势，俨然昔日九千岁的模样。据他出京时前呼后拥的卫队、侍从达千人之多，都是他平时养的私家武装，身佩兵器，押着满载金银珠宝的40辆大车，呼啸而去，给人以意气扬扬，雄心勃勃的样子。
这一消息传达宫中，激怒了崇祯，他立即给兵部去一道谕旨：“逆恶魏忠贤，本当肆市以雪众冤，姑从轻落凤阳。岂料巨恶不思自改，辄敢将畜亡命，自带凶刃，环拥随护，势若叛然。朕心甚恶，著锦衣卫即差的当官旗前去扭解，押赴彼处交割明白，所有跟随**，即擒拿具奏，勿得纵容。”
且魏忠贤经由良乡、新城、雄县等，于十一月初六抵达阜城县南关，找了个旅馆住下，获悉皇上派人前来扭解，知道必死无疑，顿时惊慌失措，长叹僵卧。半夜起身，随解所携之带，悬梁自尽，他的贴身太监李梦钦梦中惊起，自缢殉葬。随从急忙报知县衙门，看热闹的人拥挤，40辆大车的行李大多在混乱中散失，随从人员也逃亡一空。