朝庭不知道的是甘肃并没有全境落在唐军手里，此时嘉峪关还在官军手中，马维兴拿下兰州后停了下来，只是派出人员前往甘肃以西的永昌，山丹，甘州说降，这三处地方见事不可为，爽快的降了，唯有去嘉峪关的人毫无所获，反被守将扣住。
听到此事，唐军都义愤填膺，要求马维兴马上发兵，拿下嘉峪关，却被宋献策止住，嘉峪关是万里长城西端主宰，始建于明洪武五年(1372年)，从初建到筑成一座完整的关隘，经历了168年（1372－1539年）的时间，是明长城沿线九镇所辖千余个关隘中最雄险的一座。
嘉峪关自建以来，屡有战事。明正德年间的1515－1522年，吐鲁番满速尔兵数犯河西。当时嘉峪关只是座孤城，以致满速尔兵两破关城，并屡掠附近诸部民众牛羊。直到1539年嘉峪关建成为一座完整的军事防御工程后，关城锁阴边陲，又有明墙暗壁相合，才真正成为固若金汤的天下第一雄关。
唐军在不到二十天的时间里拿下一省之地，许多地方都是主动投降，马维兴只留下小部兵马，大部份原明朝官员都得以留任，若有点风吹草动，恐怕许多地方都要反复，宋献策劝马维兴停下来，是怕嘉峪关的险峻，若是不能快速攻下，徒损士卒事小，惹得以前的地方反复事大，还是先把占领的地方巩固再说。
另一方面宋献策也在等待贺景的到来，现在的各种补给都已快跟不上了，贺景来后，补给也会跟着来到，唐王的犒赏也可以大大提升士气，对嘉峪关一座孤城，反而不用太放在心上，现在不能说降，等他们的补给没了，不降也不行。
嘉峪关的守将为林日瑞，林日瑞原名日烺，因避东宫太子慈烦讳，改名日瑞，若历史没有改变，他会在崇祯十五年，升任甘肃巡抚、都察院右副都御史。崇祯十六年，贺景攻下兰州后，进遏甘州，围城半月，城破，在巷战中被俘，拒降。在崇祯十六年十二月被贺景凌迟处死。
此时他却还只是一个都司，手下只有三千将士，但都是经久战阵的精锐之士，从林丹汗被皇太极击败，逃到青海以来，为了取得补给，林丹多次率军攻打嘉峪关，妄图攻破嘉峪关进入甘肃抢劫，最多时出动了二万人，都被林日瑞依托坚城，粉碎了林丹的梦想，据说林丹是忧愤而死，除了不能打败皇太极外，恐怕在只有三千人的城下屡次吃瘪也不无关系。
马维兴派出去劝降的是原甘肃的总兵杨麒，马维兴兵围兰州后，董学礼进城劝降，杨麒亲手将肃王府的人捆绑后献城，得到马维兴的夸赞，这次在他看来，说降一个小小的都司，易如反掌。
林日瑞一见杨麒，就想将他杀了，身为朝庭的总兵，城中尚有一万多人，未出一兵一卒抵抗，还把肃王捆绑献给唐军，如此不忠不义之人，留下世上有何用，杨麒大为恐惧，他本来就怕死才会投降，没想到这个低自己数级，以前在自己面前连座位都没有的人不但对他破口大骂，还想杀他，杨麒苦苦求饶，林日瑞的副手郭天吉看不过去，劝道：“大人，此等人杀之有污刀斧，不如暂且监禁，等叛军来攻时，再在两军阵前用来祭旗。”
林日瑞想了想，倒也不忙先杀他，到时等唐军来了，在两军阵前斩杀，也可激励士气，便道：“好吧，先把他押下去，严加看管。”
杨麒象死狗一样被拖了出去，丢进了大牢，暂时保住了性命，林日瑞在杨麒拖下去后，忧心忡忡，以前敌人再多，有后方源源不断的支援，依靠完善的城防，他从没怀疑敌人可以从他手中攻下关隘。
可现在敌人从后方来，嘉峪关再险，没有了补给也只会活活困死，何况嘉峪关主要是防备外面的游牧民族，面对后方来的袭击，却并非那么牢不可破，林日瑞只得吩咐所有人加紧修建防御工事，随时准备迎战来犯的唐军。
可他们等来的却不是唐军，竟然还是蒙古人的侵袭，崇祯八年的六月，原林丹汗的手下大将贵英率军一万人再次进犯嘉峪关。
林丹自从被皇太极击败后，率众十余万人逃亡，到达青海后，尚有二万精锐战士，林丹还想依靠这两万战士东山再起，为了能够笼络住人心，他只得向嘉峪关进攻，可是面对这天下第一雄关，林丹只能损兵折将，眼看部众越来越少，再也没有机会向他的大敌皇太极寻仇了，林丹一病不起，丢下了他重建大蒙古的希望，撒手而归。
林丹的部众由他手下大将贵英接管，此时离林丹逃到青海已有两年了，他们以前带过去的各种日用品早已用完，其它东西尚可忍受，唯有盐茶两项不可或缺，没有茶叶，肚里的油腻不能去除，长期会造成便秘，拉稀，没有盐，会变得手软脚软，全身都没有力气。
但嘉峪关的可怕已让蒙古人有了恐惧心里，林丹汗数次率军也没有攻下，他们更不敢造次，他们只能依靠走私贩子运来的少量盐茶苦苦支撑，到现在再也支撑不下去，没有这两样东西，他们只能慢慢等死，那还不如博一把，能死在马背上也算死得其所。
林日瑞率军登上了十余米高的城楼，嘉峪关城由内城、外城、城壕三道防线成重叠并守之势，壁垒森严，与长城连为一体，形成五里一燧，十里一墩，三十里一堡，一百里一城的军事防御体系。现在关城以内城为主，以黄土夯筑而成，西侧以砖包墙，雄伟坚固。内城开东西两门，东为“光化门”，意为紫气东升，光华普照；西为“柔远门”，意为以怀柔而致远，安定西陲。
门台上建有三层歇山顶式建筑。东西门各有一瓮城围护，西门外有一罗城，与外城南北墙相连，有“嘉峪关”门通往关外，上建嘉峪关楼。嘉峪关内城墙上还建有箭楼、敌楼、角楼、阁楼、闸门楼共十四座，整个建筑布局精巧，气势雄浑。
登上关楼远眺，长城似游龙浮动于浩翰沙海，若断若续，忽隐忽现。塞上风光，奇特景色，尽收眼底，可城下万余名蒙古士兵的呼呵声却给这美丽的景色凭添了无数的杀气。
城下的蒙古人已开始进攻了，他们一部分人下马，扛着简陋的云梯就往上爬，其他的蒙古人一边骑马飞奔，一边取箭向城楼攒射，城楼的明军也开始了猛烈的还击，箭象雨点般向蒙古人落去，在蒙古人中间溅起了一阵阵血雨。相反，蒙古人的箭支对明军却没有什么伤害，箭楼太高了，蒙古人的箭飞到明军跟前时，箭的力道已尽，明军用刀稍微一拔就可以打落，只有一些特别力大的蒙古人用的强弓可以给明军造成伤害。
城墙上的滚石也开始往下砸去，蒙古人所做的云梯甚是粗糙，只要多被几块石头砸到就会散架，不过，现在的石头大多数砸在爬墙的蒙古人身上，一个个脑浆迸裂，有的连惨叫声都没发出，一声不吭倒了下去。
很快城下就倒下了数百具蒙古人的尸体，蒙古人却象发疯了似的，一点也不在意伤亡，反而加大了攻击力度，又有一批制造粗糙的云梯搭上了城墙，城下密密麻麻的挤满了蒙古人，明军毫不客气，箭支，石头，火油一刻不停的往下倾倒，火油倒在蒙古人的身上，让他们痛的哇哇狂叫，随即被明军抛下的火把点燃，沾到油的蒙古人立马变成了一个个火球，在地上滚来滚去，妄图把火扑灭，却只能图劳无功，很快火焰吞没了他们的全身，还有很多云梯也被点燃，城下成了一片火海。
这种打击挫伤了蒙古人的勇气，何况城下一片大火，也不利于进攻，蒙古人终于撤退，留下了一千多具尸体，城楼上的明军也累得坐了下来，刚才蒙古人的进攻太猛烈，所有人都拼命向城下丢东西，此时蒙古人退后，他们才感到了累。
蒙古人半天就遗尸一千多具，这种攻击强度只有第一次林丹率军两万多人时才有，现在他们只有一万来人，一次就死了十分之一，还一点退意也没有，看来他们这次是要拼命了，林日瑞吩咐士兵好好看守后，和郭天吉一起回到将军府，等火焰熄了下去，天就要黑了，今天蒙古人是暂时不会攻击。
外有强敌，内无援兵，还有另一强敌在虎视眈眈，嘉峪关此时已到生死关头的时候，若是一个处理不好，嘉峪关就要面临着建成以来一百年首次破城的记录，返回了将军府，林日瑞向郭天吉问道：“城内粮草可有短缺。”
郭天吉道：“大人放心，城内粮草足够三月所需，只是守城用的火油有所缺泛，若以今天的强度来看，只要再用两次就没有了。”
火油是守城最有用的武器，没有了火油守城再也不会象今天这样轻松，林日瑞毫无表情，问道：“那其它物质缺不缺。”
郭天吉道：“箭支尚有四万余支，兵器刀枪有六千余把，足够将士们使用。”
林日瑞点了点头，再也不说话，郭天吉几次张口欲言，还是没有说什么，见林日瑞在沉思，道：“若大人没有其它吩咐，属下告退了。”
林日瑞道：“好，吩咐大家晚上加紧戒备，防止蒙古人晚上摸城。”
郭天吉应了一声：“是。”退了下去。郭天吉本来有太多话要问，就算打退了蒙古人的这次进攻，唐军要是再来怎么办，或者还没有打退蒙古人的进攻，唐军就来了怎么办，唐军就是不来，三个月的粮草吃完，又何去可从，但他还是没有问出来。
天一黑，城下的大火已经熄灭，蒙古人一改以往夜里不攻城的习惯，摸黑强攻起来，明军在黑夜，准头大失，竟然有几处让蒙古人悄悄爬了上来，虽然上来的蒙古人马上被明军杀死，但蒙古人却大受鼓舞，更加疯狂起来，整整一夜，明军都没有得到休息。
第二天，蒙古人刚刚退下不久，又开始了进攻，这次从早到晚蒙古人进攻了一天，又在城下丢下了一千多具尸体，天黑了才退下，若是往常，蒙古人受损这么严重，早就退兵了，可是蒙古人就在城下生起火来，一点要离去的迹象也没有。
晚上，蒙古人趁着黑夜，悄悄的靠近了城墙，被明军发现后，干脆又开始了强攻，到了第六天，明军的火油早已用完了，蒙古人经过五天舍生忘死的进攻，这天的攻势依然未减，他们脸上一片峥狞，向城墙扑了过来，明军大部分人都已五天没有合眼了，手里的刀都举不起来，眼皮一直在打架，蒙古人也双眼血红，他们毕竟人多，又是攻城一方，可以轮流休息，状态要比明军好一点，但要爬墙，损失了更多的体力，刚好和明军拉平。
已有蒙古人爬上了城墙，双方在城墙上举着刀摇摇晃晃的拼杀，就象两个醉汉在打架，林日瑞将他将军府中的所有护卫派了上去，堪堪将城守住，到了天黑，蒙古人终于受不了，许多爬墙的蒙古人爬着爬着，没有受到明军任何打击，就直接栽了下去。贵英睁着血红的双眼还在大喊：“杀，杀。”
他的部下将他扶了下去，一到帐篷就倒地睡了下去，贵英作为主帅，五天五夜照样没有合眼，蒙人终于退了下去，双方虽然都是疲累已极，但蒙人要爬十多米的高墙太过吃亏，若还要打下去，上面就是没有明军也不知有几个人能爬上去。
见蒙古人退下去，明军也都一头倒下，躺在城墙上就呼呼大睡，再怎么叫也叫不醒，林日瑞站在城头，仿佛成了一尊塑像，得知蒙人连夜攻城，他跑上城墙就一直站在那里，五天来甚至位置都没有换，一直鼓舞着官军的斗志。
他的亲兵走了上来，摇了摇他，道：“大人，蒙古人也累得不行，短时间不会再攻了，可以休息一下。”
林日瑞好象才反应过来：“哦，是吗。”直挺挺的倒了下去，亲兵吓了一大跳，摸了一下他的鼻息才知道他睡着了。