回宁远的途中，袁崇焕志得意满。而孙元化却闷闷不乐，一语皆无。
袁崇焕询问孙元化：“孙参赞，你为何闷闷不乐？”
孙元化看了一眼袁崇焕，问道：“那毛文龙乃是辽东左都督，位列正二品。大帅您虽为蓟辽督师，但官职也不过为从一品。向毛文龙这样的人，没有陛下的圣旨，您是没有权利杀他的。没有圣旨擅杀大臣，乃是欺君之罪，是要杀头的。”
孙元化的一句话，让袁崇焕吓得一激灵。海风这么一吹，袁崇焕的脑袋凉快了许多。
是啊！纵然毛文龙罪大恶极，罄竹难书，也需交由刑部，按律治罪。他袁崇焕不过比毛文龙高了半级，就不经圣旨擅杀大臣，这罪名也是要掉头的。
袁崇焕越想越后怕，越想越不是滋味。
“孙大人，这可怎么办？”袁崇焕有些慌了。
孙元化见四周无人，悄悄说道：“按大明律，叛国者，杀无赦，可不必请旨，先斩后奏！”
袁崇焕眼睛一亮，一拍双掌说道：“妙计。”
回到宁远，袁崇焕立刻给崇祯皇帝上了一份奏疏。这份奏疏上列举了毛文龙十三条大罪，这前十二条大罪与袁崇焕斩杀毛文龙时候说得基本无二。唯一不同的是这最后一条大罪：谋反。
袁崇焕在奏疏的后面附上了七封毛文龙通敌大金的书信，并加盖有“平辽大将军”的印信。
奏疏传至京师，崇祯皇帝着实吓了一跳。崇祯皇帝虽然在历史上比他的哥哥朱由校更没有作为，但他也并非是个傻子。
毛文龙挂的是“征虏前将军”的大印，而通敌的文书上加盖的是赵率教“平辽大将军”的印信。这崇祯皇帝再不济，对于这假造的通敌文书，还是一眼就看出来了。
前些时，毛文龙上疏朝廷，言明袁崇焕在卡自己的脖子。朱由检就担心袁崇焕与毛文龙不合。一旦毛文龙叛反大明，将对整个大明局势造成极为不利的影响。
朱由检害怕
袁、毛二人会像当年的熊廷弼与王化贞一样经抚不和。如今袁崇焕不经刑部和自己的诏书，擅自杀了毛文龙，怎叫朱由检不惊。
朱由检急忙召集内阁大臣与兵部尚书王洽，商议对策。
兵部尚书王洽与袁崇焕也是貌合神离。因为袁崇焕赴任辽东之时，就是挂着兵部尚书的头衔。而且袁崇焕走了之后，向崇祯多次上表，要求内阁与兵部放权，好让他便宜行事。关键，崇祯皇帝用袁崇焕心切，是凡袁崇焕所求，皆有求必应。这还让王洽说什么。
王洽只是低头不语，对于朱由检的询问只当没有听到。
韩爌身为内阁首辅，按道理来说，袁崇焕擅杀毛文龙，罪应当斩。可是毛文龙刚死，再杀了袁崇焕，只怕辽东更乱。所以韩爌也是犹豫不决。
次辅钱龙锡是朝内最支持袁崇焕的主。袁崇焕在朝之日，曾多次拜望这位内阁大学士。钱龙锡曾在袁崇焕的面前保证：“袁公此去辽东，只管放心御敌。朝内之事，我自当全力为你筹措。”
袁崇焕杀毛文龙，虽然没有请示钱龙锡，但钱龙锡是有预料的。因为，袁崇焕在离京之前，便请示过钱龙锡。钱龙锡曾言：“毛文龙如果可用，便用。不可用，则杀之。”
钱龙锡见朱由检见问，轻声回奏：“启禀陛下，毛文龙已死。如果再处置袁崇焕，恐怕无人敢领兵辽东。还望陛下三思。”
朱由检看了一眼韩爌：“韩爱卿以为如何？”
韩爌答道：“钱大人说得是。虽然袁崇焕此举不合我大明法度。但边塞敌情多变，袁崇焕此举必有他的道理。如何现在处置袁崇焕，恐怕边塞军心浮动，金贼一旦南下，山海关危矣。”
朱由检觉得他们说得都有道理，实际上他的内心也是这样想的。
朱由检下了一道圣旨，大大褒奖了袁崇焕的举措，并安慰袁崇焕，为国分忧，不必顾虑太多。言下之意：你杀了毛文龙，朕不怪你。
毛文龙被杀一案就此结束。
钱谦益曾经这样评价毛文龙：“鸭绿江头建鼓旗，间关百战壮军威。青天自许孤忠在，赤手亲擒叛将归。 夜静举烽连鹿岛，月明传箭过鼍矶。纷纷肉食皆臣子，绝域看君卧铁衣。”
袁崇焕对于斩杀毛文龙一事的影响，看得太轻。他没有想到杀了一个毛文龙，会对整个辽东局势造成彻底的改变。
第一、毛文龙的手下跟随毛文龙多年，多为兵痞，成分复杂。毛文龙对于他们十分器重，而他们对于毛文龙也十分听话。毛文龙知道该如何管理这帮人。但毛文龙一死，无论是袁崇焕还是将来的孙元华都无力节制这帮人。后来的皮岛三乱、吴桥兵变便是见证。
第二、毛文龙一死，皮岛诸将离心离德。皮岛便不再是牵制后金的一支重要力量。这为皇太极越过边塞，兵袭北京城奠定了基础。历史上著名的己巳之变因此而生。
第三、今日袁崇焕轻而易举地杀掉了毛文龙。他日，也会有人借毛文龙的名义杀掉他。虽然后来崇祯皇帝并没有替毛文龙平反昭雪。但袁崇焕下狱的罪名之一就是擅杀大臣。袁崇焕一死，辽东局势更加明朗。大明再无力与大金抗衡。
第四、时势造英雄。大明末期，英雄辈出。虽然没有出现像岳飞那样能够扭转乾坤的著名将领，但出了几个能与南宋末年刘整、张弘范齐名的叛将。而且他们基本来自皮岛，毛文龙的手下。
他们分别是尚可喜、耿精忠、孔有德。（这里先不详细介绍，将来还要详述。）
明末多名将，但缺少名帅。像熊廷弼，毛文龙，袁崇焕等等，也都让皇帝或者是阶级斗争给搞死了。
毛文龙一死，最开心的不是袁崇焕，而是皇太极。他开怀大笑，数日难眠。
他决定帅军南下，攻打大明。
可是，他还有些顾虑。自从参赞范文程走后，便再没有露过面。皇太极希望兴师之前，能够见范文程一面。因为没有范文程的帮助，皇太极的心中还是没有底气。