六月初十，熊廷弼来到了北京城。
熊廷弼在驿馆休息了一夜，第二日一早便在正阳门候旨觐见。
得知熊廷弼已经到了京城，天启皇帝朱由校非常高兴，一向睡到日上三竿的他，早早地升坐八宝金殿。
魏忠贤站在金阶之上高喊：“皇帝有旨，特命熊廷弼入朝觐见！”
几个宫门的太监接替呼喊，直至正阳门外。
熊廷弼整理了衣服，躬身碎步走向太和殿。
进入太和殿后，熊廷弼依照平民的礼仪给朱由校行了三跪九叩的大礼，最后天启皇帝命熊廷弼站起身回话。
他先是奏请天启皇帝，收回冯三元、魏应嘉等人的贬谪。熊廷弼这么做是想给皇帝还有满朝文武一个态度，他熊廷弼大人不记小人过，到了辽东前线，你们千万别在后面给我下绊子了。
朱由校明白熊廷弼话外之音，他拒绝了熊廷弼的奏请：“朕金口玉言，既然已经下旨，便不会收回成命。况且这些人确实犯错在先，理应惩戒。不然，朝廷纲纪如何确立。”
熊廷弼见朱由校心意已决，便不再坚持。他朝上躬身一礼，说道：“臣在家中之时，日夜思虑国事。临行前，想出一退敌的策略，想向陛下奏明。”
朱由校听说熊廷弼有退敌良策，非常兴奋：“爱卿快快奏来。”
熊廷弼朗声说道：“如果想要击退金贼，必须三方布置。首先，广宁十二卫大多建在闾山一带，山势险要，并有三岔河为屏障。如果用马步兵在三岔河上设立壁垒，凭借山川的有利地形打击敌人，便能牵制敌人的全部兵力。其次在天津、登、莱等港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军
心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。在登、莱两地需要设立一个总巡抚，就和天津一样，臣恳请由陶朗先充任。最后在山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。”（对于熊廷弼的三方策略究竟是广宁、登、莱，还是广宁、登莱、山海关，当时熊廷弼说得太过暧昧，朱由校又是个文盲，所以我也不清楚。我是照着明史写的。）
朱由校立刻点头同意，当殿加封熊廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。
熊廷弼为了能在辽东做到令行禁止，向天启皇帝再次要了一口尚方宝剑，并请求调兵二十余万，并责成户、兵、工三部尽快筹措兵马、粮草、器械之类的军需物资。
熊廷弼还奏请天启皇帝为当初的监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，并让他们办理军中事务。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。
天启皇帝对于熊廷弼所有的奏请一律批准。
到了七月二日这一天，熊廷弼拜别天启皇帝朱由校，启程赶赴辽东。
天启皇帝特地赐给熊廷弼一身麒麟官服，并赠四枚彩币。
天启皇帝专门为熊廷弼在京城郊外十里长亭设宴，并派文武大臣为熊廷弼践行，这在明朝可谓极为稀有的礼遇。为保熊廷弼的安全，朱由校专门派了五千名京营选锋，护送熊廷弼一直到辽东。（最后这批人成为了熊廷弼在辽东唯一可以调动的军队）
朱由校对于自己的安排十分满意，但他不知道将熊廷弼升任兵部尚书一事，得罪了一个人，张鹤鸣。
这位在短短三个月便升任兵部侍郎的张鹤鸣，心中对于朱由校十分不满。
张鹤鸣原来是贵州巡抚，由于辽阳失守，天启皇帝临时抓了兵部右侍郎张经世统领两万军兵出山海关，支援薛国用。
兵部没有了侍郎，就有人推荐张鹤鸣来充任兵部侍郎。
没几天，兵部尚书崔景荣辞职，天启皇帝把快八十的王象乾招入京城，命他接任兵部尚书。
王象乾当着天启皇帝的面，陈述自己年龄大了，眼睛都看不见了，实在不能在兵部主事。
但是天启皇帝难得将这个老头子招进了京城，自然不会轻易放过他。天启皇帝向王象乾询问辽东战局如何对应，王象乾一时高兴说出了如何镇守关外诸镇，如何招抚少数民族，并安插汉人在少数民族内部的方略。
天启皇帝听了之后对王老头大加赞赏。这时恰逢蓟辽总督文球告老还乡，朱由校就加封王象乾蓟辽总督兼右都御史，总督蓟辽军务。
朱由校还特别关照王象乾：“年纪大了，没关系。只要活着，能领官饷就行。眼睛看不见，也没关系，给你派个文秘，替你写奏折，读报告。”
王象乾见推辞不过，只得上任了。
京城内兵部尚书的位置又空了出来，张鹤鸣看了看身边左右，这一次只怕非我莫属了吧。哪知，熊廷弼刚到京城，天启皇帝就任命熊廷弼为兵部尚书，这让张鹤鸣十分不悦。
朱由校得罪张鹤鸣，张鹤鸣自然不敢与皇帝计较，但他对熊廷弼算是恨上了。而且张鹤鸣与熊廷弼早就熟识，熊廷弼在张鹤鸣的面前向来喜欢吹胡子、瞪眼，从来就不把张鹤鸣当盘菜。张鹤鸣自然就更加记恨熊廷弼。