前来送圣旨与公函的乃是兵部员外郎刘万春，他宣读完圣旨，便将孙承宗拉到了一个没人的地方。
刘万春见四下无人，悄声说道：“孙大帅，您不在山海关驻守，怎么跑到京师来了？”
孙承宗脸色肃然说道：“如今阉党专权，朝中大臣凡正直者，多遭杀戮。我孙承宗虽不才，也难以容忍魏忠贤等祸国乱权。故此带兵前来京师清君侧，捉拿阉党魏忠贤。”
刘万春吓得再次看看四周，确定无人后，这才说道：“孙大帅，此话休要再提。如今的京城早已掌握在魏阉的手中，他内控宫廷，外掌六部，就连内阁次辅顾秉谦都认了魏忠贤当干爹了。您驻守边塞，阉党还想弹劾大帅。如今大帅带着这么多的兵将，虎视眈眈进驻京畿，魏忠贤焉能放过大帅。下官劝大帅早离京师，回山海关去吧。”
孙承宗摇了摇头，愤然道：“难道朝廷上下已无一人能节制魏忠贤了吗？”
刘万春叹了一口气：“现如今唯有陛下能够节制与他。只是陛下沉迷木匠的手艺，对于朝廷内的权力争斗早已厌倦，故此朝廷的很多事已不再过问。而魏忠贤深得陛下宠信，东厂武阉与锦衣卫均在其控制之中，加之他有秉笔、掌印之权，矫诏如同家常便饭。现在的魏忠贤已然成了站着的皇帝。大帅，听下官一言，暂避其锋，以后徐徐图之吧。如今到处都是魏阉的耳目，下官不便在此久留，告辞了。”说罢，刘万春带着随从回奔京城。
刘万春走后，孙承宗还是有些不甘心，他想冒一次险。
第二天一早，四万兵士悄悄开拔，回奔山海关，只留下十几名兵士护卫着两辆马车向着北京城的方向缓缓而行。
消息传到魏忠贤的耳中，魏忠贤的嘴角扬起一抹冷意。
天交正午，惨白的冬日，毫无温度地照耀着京师的大地。当队伍刚刚到达朝阳门，一伙守门的军兵立刻将这两辆马车紧紧包围了起来。
“站住！”为首一个内宫宦官服饰的人冲着车队高声喝道。
车队立刻停下，十几名兵士纷纷拔出腰刀，神情紧张地护住了前后两个车辆。
那名宦官鼻子哼了一声，大声说道：“把他们的兵器都给我下了！”
喝喊声中，守卫朝阳门的军兵立刻将眼前十几名兵士手中的腰刀给夺走了。
为首的宦官嘴角冷笑，缓步走到第一辆马车的跟前，昂然笑道：“孙大帅，还请下车一叙。”
马车内鸦雀无声。
宦官眉头微皱，冲着旁边的军兵递了一个眼色。
那名军兵立刻上前，一把推开了马车的车门。
马车内除了一个蓝布皮包袱外，再无其
他物事，更别说孙承宗的人影。
宦官先是一愣，随后命人打开那个蓝布皮的包袱。里面不过是一床被子，毫无特别之处。
宦官转身直奔第二辆马车，未等伸手去撩车帘，马车内已经走出一人。
“徐大人，您身为九门提督太监，这是何意啊？”
宦官一见来人，更加发愣。过了好半天这才说道：“原来是鹿继善，鹿大人。但不知孙大帅，此刻在何处？”
鹿继善假装糊涂：“孙大帅，哪个孙大帅？”
徐贵强压怒火说道：“当然是当朝阁老，辽东督师孙承宗，孙大帅。”
鹿继善轻拍额头，仿佛恍然大悟一般：“孙大帅巡视京畿布防后，便回奔山海关了。难道徐大人有事要见孙大帅吗？”
徐贵干笑了两声，说道：“那倒不是。我听闻大帅要进京师，故此在此恭候。既然大帅已经回奔山海关去了，那本官就回去了。告辞！”说罢，带人直奔东厂。
鹿继善眼望徐贵的背影，心中不住地冷笑。
徐贵来到东厂，把朝阳门所发生的事情告诉了魏忠贤。
为了捉拿孙承宗，魏忠贤特意派九门提督太监徐贵紧守九门，为的是防止孙承宗突然进京，面见天启皇帝朱由校，对自己不利。如果能够拿下孙承宗，不用等朱由校亲自过问，魏忠贤便能以欺君抗旨之罪将孙承宗就地正法。
可惜，孙承宗没有来。
魏忠贤听徐贵说罢，牙齿咬得咯咯山响，冷冷说道：“孙承宗，你这个老狐狸。你以为你这一走，本督就拿你没有办法了？骑驴看唱本，咱们走着瞧。”
没过多久，御史李蕃、崔呈秀、刑部员外郎徐大化接连上表，弹劾孙承宗拥兵自重，靡费钱粮。不仅如此，太仆少卿吴淳夫、太常少卿田吉、左副都御史李夔龙更是含沙射影，隐喻孙承宗是东晋的权臣王敦，唐德宗年间的叛将李怀光，大有谋反之意。
驻守山海关的孙承宗听闻朝堂之上这么多人弹劾自己，索性又向天启皇帝写下表章，要求辞职。
朱由校对于朝廷官员互相倾轧的闹剧早已厌倦，无论是阉党还是外庭官员的奏疏，一律不予批准。当然，对于孙承宗的辞职信也是置若罔闻。
魏忠贤想矫诏捉拿孙承宗，但顾忌孙承宗手握重兵。思来想去，还是不敢直接到山海关去找不自在。
天启五年四月，给事中郭兴治再次发起弹劾孙承宗冒领军饷的奏章。天启皇帝没有办法，只得命新任内阁首辅顾秉谦召集六部官员，商议孙承宗的去留问题。
会议开得非常热烈，以顾秉谦为首的大部分官员建议接受孙承宗的辞职信，罢免孙承宗
的辽东督师一职。
而吏部尚书崔景荣为首的一部分官员，则强烈要求留任孙承宗。崔景荣有些激动地问顾秉谦：“孙承宗镇守山海四年之间，边塞安泰，京师无忧。我想问问首辅大人，如果罢免了孙承宗，何人愿意替代他镇守山海关？”
顾秉谦用眼角扫了一下站在朝堂上的兵部尚书赵彦。
赵彦看到了顾秉谦投来的目光，脸上一红，低下了头。赵彦虽然为人正直，且对于边塞将军冒领军饷的事深恶痛绝，但他确实打仗不行。（有人说白莲教的徐鸿儒是被赵彦捉拿的，那纯属扯淡。）
顾秉谦开始犹豫。虽然魏忠贤早已示意他除去孙承宗，可是崔景荣说得也不无道理。如果真得让孙承宗离开山海关，放眼朝堂，只怕再无人能顶替孙承宗镇守山海关。（牢房内的熊廷弼虽然堪当此任，但由于四万两的救赎金出尔反尔，得罪了魏忠贤，刑部已经决定秋后问斩了。）
顾秉谦左思右想，拟了一道折子递交内廷，上奏天启皇帝朱由校。
朱由校一见，非常满意，立刻批复：“就这么办！”
孙承宗此时正在山海关外布防。经过四年的努力，孙承宗前后修复山海关、中前所、前屯卫、中后所、中右所、宁远卫、中左所、锦州、右屯卫九座大城，四十五座堡垒，招练兵马十一万，建立十二个车营、五个水营、两个火器营，八个前锋后劲营，制造甲胄、军用器械、弓矢、炮石等打仗用的装备有几百万套，开疆扩土四百里，屯田五千顷，年收入十五万。
正当他信心满满地准备出兵广宁之时，天启皇帝的圣旨传到了京师。
圣旨中，朱由校高度赞扬了孙承宗的功绩，并用功高如日月，声威震千里形容孙承宗在朝廷中的地位。但是，孙大帅太能造了。如果说，孙承宗每年关外的收入十五万的话，那么孙承宗每年要求户部供给边塞的饷银就有六百万两。虽然朝廷是可以造钱的，但当时的白银开采不易，且偏远的土司多有叛乱，光是白莲教就闹了二十多年，国库并不充盈，而百姓的赋税也非常得重。故此，天启皇帝要求孙承宗减兵增效，放弃对广宁的进攻。
孙承宗一见圣旨，仰天长叹：“四年辛苦，付之流水。纵想报国，功亏一篑。”
孙承宗不得不将山海关副总兵王世钦、尤世禄，副将李秉诚、孙谏等人的官职罢免，并裁撤其所率军马一万七千多人。这一下，为户部节省了开支六十八万两。
除了尤世禄宁愿当一名普通的参将，也要留在军中效力外。其余将军由于备受打击，都各自回奔自己的家乡，开始养老去了。
孙承宗已经隐隐感到自己离开的日子不远了。